Thunderbolts, Valentina Allegra de Fontaine'in (Julia Louis-Dreyfus) liderliğindeki CIA tarafından görevlendirilen bir grup anti-kahramanın, gizli bir süper asker projesini örtbas etmek amacıyla Malezya'daki bir laboratuvarı yok etmeleriyle başlar. Ancak bu görev, kahramanlarımız için bir tuzaktır ve birbirlerine karşı savaşmaya zorlanırlar. Bu süreçte, Bob adında gizemli bir adamla karşılaşırlar. Bob, de Fontaine'in Sentry süper asker projesinin bir deneğidir ve kontrol edilemez güçlere sahiptir. Takım, de Fontaine'in ihanetiyle yüzleşir ve Bob'un içindeki karanlık güç olan "Void"un New York'u tehdit etmesiyle birlikte, kendi travmalarıyla yüzleşmek zorunda kalır.
